Libraries

Surfrecon

• general requirements: vtk, blitz, fltk, wxwindows, gsl
• custom libraries: flujos, gzstream
• active regions segmentation:
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• surface reconstruction
  • https://iie.fing.edu.uy/avn/surfrecon
• toolbox flujos
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• flujos examples
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• ITK examples
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Quantitative evaluation

Cardoso

Por ahora si quieres ir probando el código de el, lo puedes bajar de:

http://www.inescporto.pt/~jsc/publications/software/SegEval_vs2006july.rar

El ejecutable se llama segmentation_evaluation.exe, es de windows, pero yo lo corro desde linux con wine sin problemas. Tiene dos modos de funcionamiento:

• GUI: correrlo sin parámetros
• batch: segmentation_evaluation.exe im1.png im2.png

creo que soporta bastantes formato de entrada. La salida la da por standard output. Esta el código en Visual Studio también por si quieres cambiar algo.

Para correrlo sobre toda la base de datos

Te adjunto la versión que uso ahora para correrlo sobre la base de datos de berkely. Lo que hace es leer los ids de la base de datos, con eso formo unos strings con el nombre del archivo con mi segmentacion y la de berkeley. Asumo que mi segmentacion esta guardada en un directorio ./out y que las de berkeley estan en un directorio ./segs, de lo contrario las crea. y luego invoca al ejecutable de Cardoso con las imagenes como parametros.

hay dos archivos:

• run_bsds.m: corre mi algoritmo (o cualquiera con una pequena modificacion) sobre la base de datos. invoca a mi codigo C, que no te lo he incluido.
• evaluate_bsds.m: evalua el resultado de un algoritmo cualquiera usando lo de Cardoso, deja el resultado en un archivo .log (uno por imagen)
• evaluate_cardoso.sh: script bash auxiliar para el evaluate_bsds.m